Η επιλογή των καλύτερων σχεδίων του καθαρισμού των βοθρολυμάτων είναι αρκετά περίπλοκο πρόβλημα, και αυτό καθορίζεται από την πολυμορφία των προσμίξεων που βρίσκονται στο νερό και από τις υψηλές απαιτήσεις σχετικά με την ποιότητα του καθαρισμού του νερού.
Στην επιλογή της μεθόδου του καθαρισμού των προσμίξεων υπολογίζουν όχι μόνο την περιεκτικότητά τους στα βοθρολύματα, αλλά και τις απαιτήσεις , στις οποίες πρέπει να ανταποκρίνονται τα καθαρισμένα νερά, όταν διοχετεύονται στους υδροβιότοπους.
Τα εφαρμοζόμενα σχέδια του καθαρισμού πρέπει να εξασφαλίζουν την μέγιστη χρησιμοποίηση των καθαρισμένων νερών στις βασικές τεχνολογικές διαδικασίες και την ελάχιστη διοχέτευση στους ανοιχτούς υδροβιότοπους. Σε ευρεία εφαρμογή των συστημάτων ανακύκλωσης υδάτων υπάρχουν επιπρόσθετες εφεδρείες για τη μείωση της εκροής του καθαρού νερού και τη μείωση διοχέτευσης των βοθρολυμάτων στους υδροβιότοπους.
Τα βοθρολύματα είναι καθαρά, αν η διοχέτευσή τους δεν παραβαίνει τους κανόνες της ποιότητας του νερού για τη χρησιμοποίησή του.